| La tomate |
| Contact |
Mathilde CAUSSE, UR 1052, GAFL-Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes, Avignon,
Mathilde.Causse(at)avignon.inra.fr
| Mode de reproduction |
Période de reproduction : toute l'année.
Cycle de développement : 100-120 jours.
La fleur de tomate est hermaphrodite, le tube staminique qui renferme et protège
les organes sexuels mâle et femelle, offre une pollinisation autogame dominante
et allogame à pourcentage variable.
| Disciplines principales |
Physiologie
Génétique
Agronomie
Améliorations technologiques : qualité des produits frais et transformés
Pathologies du fruit
| Infrastructures |
Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), Evry, groupe « crop genomics » et plate-forme de tilling :
http://www-urgv.versailles.inra.fr/analysis-cropFunctionalGen.htm
http://www-urgv.versailles.inra.fr/tilling.htm
Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Evry :
http://www.cng.fr/fr/teams/genoinra/home.html
UR1052, Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Avignon :
http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/...
http://www.inra.fr/compact/nav/externe/fr/unites/...
Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon :
http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/...
Plantes et Systèmes de culture Horticoles (PSH), Avignon :
http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/...
Unité de Pathologie végétale, Avignon :
http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/...
UR0407, Pathologie Végétale, Sophia-Antipolis, Pathology (SPE):
http://www.avignon.inra.fr/les_recherches__1/...
http://www.inra.fr/compact/nav/externe/fr/unites/...
UMRA 990 INRA INP-ENSAT, Laboratoire de Génomique et Biotechnologie des fruits (GBF), Toulouse :
http://gbf.ensat.fr/
http://www.inra.fr/compact/nav/externe/fr/unites/...
UMR619 Biologie du Fruit (BF) INRA-Univ. Bordeaux I-Univ. Bordeaux II, Bordeaux :
https://www.bordeaux.inra.fr/umr619/
http://www.inra.fr/compact/nav/externe/fr/unites/...
UMR1065 Santé végétale (SV) INRA-ENITAB, Bordeaux :
https://www.bordeaux.inra.fr/umrsv/
http://www.inra.fr/compact/nav/externe/fr/unites/...
Unité de recherche Biopolymères Interactions Assemblages (BIA) :
http://www.angers-nantes.inra.fr/unites_de_recherche_unites...
https://www-admin.nantes.inra.fr/nantes/les_recherches/...
| Introduction |
La tomate est une espèce de plante herbacée originaire du nord-ouest de l'Amérique du Sud. Elle est cultivée pour son fruit charnu, l'un des fruits les plus consommés dans l'alimentation humaine. Elle appartient à la famille des solanacées, dont les membres les plus utilisés par l'homme sont par exemple la pomme de terre, le poivre, l'aubergine, ou encore le tabac. Son cycle de vie court, la possibilité de diriger les croisements, sa robustesse face à différentes conditions climatiques, et la facilité avec laquelle il est possible de la transformer génétiquement, font de la tomate un modèle d'excellence pour les recherches sur les fruits charnus, tels que le raisin, la pomme, la pêche, la fraise ou encore le melon.
| Données générales |
Solanum lycopersicum
Classification phylogénétique : plante herbacée de la famille des solanaceae
Génome en cours de séquençage
950 millions de paires de bases sur 12 paires de chromosomes
Nombre de gènes : environ 35 000
| Outils disponibles |
Collections importantes de Ressources Génétiques
Collections importantes de variants naturels et de mutants (mutagenèses par EMS révélés par méthode de TILLING notamment)
Nombreux marqueurs génétiques : RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism), AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSRs (simple sequence repeat), SNPs
Banques de BACs et YACs
Grande collection d'ESTs (>250 000 environ)
Analyses QTLs, protéomes et transcriptomiques possibles
Marqueurs COS (Conserved Ortholog Set) permettant des études de synténie avec le génome d'Arabidopsis thaliana
Production de mutations gain de fonction grâce à des transformations (par insertions de T-DNA ou des transposons provenant d'autres espèces) et extinction de gènes par RNAi ou par VIGS (Virus Induced Gene Silencing)
| Databases |
Bases de données génomiques :
http://sgn.cornell.edu/
http://ted.bti.cornell.edu/cgi-bin/TFGD/order/home.cgi
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/...
Banque de variants naturels et de mutants :
http://tgrc.ucdavis.edu/
http://zamir.sgn.cornell.edu/mutants/
Base de données QTLs :
http://zamir.sgn.cornell.edu/Qtl/Html/home.htm
Base de données de microarrays :
http://www.ebi.ac.uk/Databases/microarray.html
http://www.jcvi.org/potato/
Base de données sur le métabolisme :
http://solcyc.sgn.cornell.edu/LYCO/server.html
| Bibliographie |
Sites web : |
