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 Le porc

     

 Contact 

Claire ROGEL-GAILLARD, INRA/AgroParisTech, UMR1313, Laboratoire de Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe INRA-CEA Génétique Immunité Santé,
Jouy-en-Josas,

 Données générales 

Sus scrofa domestica pour le porc domestique et Sus scrofa scrofa pour le sanglier
Classification phylogénétique : mammifères de la famille des Suidae
Génome Sus scrofa scrofa
Taille attendue du génome: 2,7 Gb
2n = 38 chromosomes
Premier assemblage de la séquence du génome disponible


 Reproduction et longévité 

Les porcs atteignent la maturité sexuelle très tôt vers l'âge de 6 mois et peuvent se reproduire tout au long de l’année. Le temps de gestation est de 115 jours en moyenne. Une truie peut avoir deux portées par an et met bas jusqu’à une douzaine de porcelets par portée. Certaines lignées qualifiées de très prolifiques peuvent donner naissance à 18 porcelets par portée. La truie gestante a une placentation épithélio-choriale qui limite les échanges entre le sang maternel et fœtal. Un porc a une espérance de vie de 25 ans.


 Disciplines principales 

Biologie du développement
Biologie cellulaire
Biologie moléculaire
Clonage
Transgenèse
Immunologie
Génétique
Génomique comparative
Modèle de maladies humaines : mélanome, pathologies cardio-vasculaires, ischémie, athérosclérose, obésité
Modèle en recherche biomédicale : Xénotransplantations, chirurgie expérimentale, toxicité transdermique, fibrose cutanée radio induite


 Outils disponibles 

Capacité d’élevage dans des conditions contrôlées
Installations SPF (Specific Pathogen Free)
Banques de grands fragments d’ADN (BACs)
Transfections cellulaires
Transgenèse
Cartes physiques, génétiques, cytogénétiques, d’hybrides d’irradiation
Séquence génomique partielle
Puces d’expression pour des analyses transcriptomiques
Génotypage : microsatellites, SNPs
Puces 60K SNP disponibles
Anticorps


 Databases 

Races de porc domestique :
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_domestic_pig_breeds
Cartographie et cartographie comparée :
Animal genome database :
http://www.animalgenome.org/QTLdb/pig.html
Carte cytogénétique :
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/pig/cyto/cyto.htm
Cartes homme-porc :
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/pig/compare/compare.htm
Carte physique:
http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/mapping.shtml
Cartographie comparée de séquences
EST :
http://bioinfo.genotoul.fr/Iccare/index.php
Génomes :
http://narcisse.toulouse.inra.fr/multi/cgi-bin/narcisse17.cgi
Annotation EST et ADNc :
Pig expression data explorer :
http://pede.dna.affrc.go.jp/
SIGENAE :
http://www.sigenae.org/
Pig gene Index :
http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=pig
Séquence du génome : premier assemblage disponible (octobre 2009) :
http://www.ensembl.org/Sus_scrofa/Info/Index
http://vega.sanger.ac.uk/Sus_scrofa/index.html
Projet de séquençage du génome :
http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/
Swine Genome Sequencing Consortium (SGSC) :
http://www.piggenome.org/The Immuno Polymorphism Database
MHC database :
http://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/sla/
Porcine Immunology and Nutrition database :
http://ars.usda.gov/Services/docs.htm?docid=6065
Recherches biomédicales chez le porc :
http://www.nal.usda.gov/awic/pubs/swine/swine.htm#art




 Introduction 

Le porc domestique et le porc sauvage ou sanglier appartiennent tous deux à l’espèce Sus Scrofa. Le porc domestique est classé en Sus scrofa domestica et le sanglier le plus commun en Sus scrofa scrofa. Le porc domestique et le sanglier sont interféconds. Ils diffèrent par leur nombre de chromosomes : 36 pour le sanglier et 38 pour le porc domestique. L’espèce porc a été domestiquée suite à la sédentarisation des hommes et à l’apparition de l’agriculture il y a environ 10000 ans.
Le porc domestique est une espèce d’intérêt économique et biomédical. Il constitue un modèle en santé humaine de par l’existence de caractéristiques anatomiques et physiologiques comparables à celles de l’homme: structure de la peau, réponse à des régimes athérogènes, anatomie cardio-vasculaire, système urinaire, anatomie et fonctionnement du rein. Les propriétés anatomiques et physiologiques d’organes tels le foie, le pancréas, le rein et le cœur font du porc un animal reconnu d’intérêt pour la xénogreffe. L’anatomie gastro-intestinale du porc diffère de celle de l’homme mais les processus digestifs étant similaires, le porc est intéressant pour l’étude de pathologies digestives. Il existe des races de porcs miniatures (Yucatan, Hanford, Gottingen) précieuses dans des protocoles expérimentaux pour lesquels la taille des animaux de ferme serait un obstacle.


          

 Ressources 

ANIMAUX :
- Races de porcs domestiques :
Génétique et Expérimentation en Productions Animales, INRA
- Lignée athérosclérose :
Animaux présentant une athérosclérose spontanée
Génétique et Expérimentation en Productions Animales, INRA
- Lignée MeLiM :
Animaux ayant une susceptibilité génétique au mélanome cutané
UMR1313 de Génétique Animale et Biologie Intégrative, INRA
- Miniporcs homozygotes pour l’haplotype dd du CMH :
UR Infectiologie Animale et Santé Publique, INRA

CHIRURGIE EXPERIMENTALE :
Unité de Physiologie, reproduction et comportement, INRA, Tours

TRANSPLANTATIONS :
Plateforme de chirurgie du Magneraud

BANQUES DE BACs :
CRB GADIE, Jouy-en-Josas, France :
Distribution de clones, criblage par PCR
BACPAC resources center, USA

MICROARRAYS :
CRB GADIE, Jouy-en-Josas, France
USA pig genome coordination

PUCES SNPs :
PorcineSNP60 Genotyping BeadChip

TYPAGE DU CMH :
UMR1313, Laboratoire de Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe INRA-CEA Génétique Immunité Santé, INRA/AgroParisTech, Jouy-en-Josas

PANEL D'HYBRIDES D'IRRADIATION (RH) :
IMPRH, INRA : Distribution du panel et outil de cartographie RH


 Infrastructures 

INRA, UMR Physiologie de la Reproduction et des Comportements, Tours Nouzilly :
http://www.tours.inra.fr/physiologie_...

Cytogénétique, épigénétique, topologie nucléaire, INRA, Laboratoire de Génétique Cellulaire, Toulouse :
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/

Anomalies génétiques, INRA, Laboratoire de Génétique Cellulaire, Toulouse :
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/

Biodiversité, INRA, Laboratoire de Génétique Cellulaire, Toulouse :
https://www-lgc.toulouse.inra.fr/internet/

Génétique quantitative et dispositifs familiaux pour des études génétiques, Contrôle génétique de la réponse immunitaire, Mélanome cutané héréditaire (modèle biomédical MeLiM), Complexe majeur d‘histocompatibilité, Cartographie et cytogénétique :
INRA-AgroParisTech, UMR1313 de Génétique Animale et Biologie Intégrative, Jouy-en-Josas :
http://www.inra.fr/genetique_animale/les_unites/...

Immunologie des muqueuses, INRA, Infectiologie Animale et Santé Publique, Nouzilly :
http://www.tours.inra.fr/Pole_Sante_Animale/...
http://www.tours.inra.fr/les_recherches/...

Maladies infectieuses, interactions hôte pathogènes, vaccins, INRA, unité de Virologie et Immunologie Moléculaires :
http://www.jouy.inra.fr/vim

AFSSA, Unité virologie et immunologie porcines :
http://www.ploufragan.afssa.fr/organisation/uvip.htm

Immunité et toxicologie, INRA, Unité de Recherche Pharmacologie-Toxicologie, 31931 St Martin du Touch :
http://www.toulouse.inra.fr/pharmacologie_toxicologie

Chirurgie expérimentale, Étude de l'ischémie-reperfusion de différents organes, en particulier le rein, Inserm U927 Centre Hospitalier et Universitaire de Poitiers, Poitiers :
http://www.poitou-charentes.inra.fr/ses_ressources/plateforme_ibisa_...

Greffes intestinales, Unité de Support Nutritionnel et de Greffe Intestinale et INSERM (ERI-21), CHU de Nice, Hôpital l'Archet 2, Nice


 Bibliographie 

Articles :
"Application of genetically modified and cloned pigs in translational research", Matsunari H, Nagashima H. 2009. J Reprod Dev. 2009 55(3):225-30 (disponible ici).
"Design of a High Density SNP Genotyping Assay in the Pig Using SNPs Identified and Characterized by Next Generation Sequencing Technology.", Ramos et al. 2009. PLoS ONE 4(8): e6524. (disponibleici).
"Nomenclature for factors of the SLA system, update 2008.", Ho CS, Lunney JK, Ando A, Rogel-Gaillard C, Lee JH, Schook LB, Smith DM. 2009,. Tissue Antigens 73(4):307-15. (disponibleici).
"Advances in swine biomedical model genomics.", Lunney JK. 2007. Int J Biol Sci 3: 179-184. (disponibleici).
"Creating porcine biomedical models through recombineering.", Rogatcheva MM, Rund LA, Swanson KS, Marron BM, Beever JE, Counter CM, Schook LB. 2004. Comp Funct Genomics 5(3):262-7 (disponibleici).
"Swine Genome Sequencing Consortium (SGSC): A strategic roadmap for sequencing the pig genome.", Schook LB, Beever JE, Rogers J, Humphray S, Archibald A, Chardon P, Milan D, Rohrer G, Eversole K. 2005. Comp Funct Genomics 6(4):251-5 (disponibleici).
"Clinical and histopathological characterization of cutaneous melanomas in the melanoblastoma-bearing Libechov minipig model.", Vincent-Naulleau S, Le Chalony C, Leplat JJ, Bouet S, Bailly C, Spatz A, Vielh P, Avril MF, Tricaud Y, Gruand J, Horak V, Frelat G, Geffrotin C. 2004. Pigment Cell Res 17(1): 24-35. (disponibleici).