Arabidopsis thaliana (A. thaliana), est aussi appelée arabette de Thalius, arabette rameuse ou encore arabette des dames. Cette plante sert d'organisme modèle en sciences du végétal depuis plusieurs années, et est représentative des végétaux supérieurs chlorophylliens et vasculaires (Angiospermes dicotylédones). Le génome d’A. thaliana est l'un des plus petits du monde végétal et sa séquence a été déterminée en 2000. Cette plante est couramment utilisée pour des études génétiques et de biologie moléculaire. Les intérêts de cet organisme pour la recherche végétale sont divers : sa petite taille permet de la cultiver en nombre, son cycle de développement est court et une plante peut produire des dizaines de milliers de graines.
Arabidopsis thaliana
Classification phylogénétique : Angiosperme de la famille des brassicaceae
Génome séquencé depuis 2000
157 millions de paires de bases sur 5 chromosomes
Nombre de gènes : environ 27 000
Collections de mutants d'insertion indépendants.
Collections d’écotypes (exploration de la variabilité génétique).
Collections de clones (cDNA, BACs, ESTs).
Cultures automatisées et phénotypages automatiques grâce à des robots: possibilité de cultiver de façon stéréotypée des milliers de plantes, de photographier ces plantes, et d'en mesurer le poids, ou l'activité photosynthétique par exemple.
Populations de lignées recombinantes (RILs) pour la recherche de QTLs.
Diverses techniques d’exploration fonctionnelle de pointe (marqueurs sub-cellulaires, marqueurs hormonaux, développementaux,…).
Bases de données génomiques :
http://atidb.org/
http://atensembl.arabidopsis.info/index.html
http://bioinfo.mpiz-koeln.mpg.de/araws
http://www.tigr.org/tdb/e2k1/ath1/
http://www.arabidopsis.org/
http://garnet.arabidopsis.org.uk/
http://www.arabidopsis.org/portals/..
http://arabidopsis.info/
Base de données sur microarrays :
http://arabidopsis.info/
Base référence sur les Cis-Acting Regulatory Elements :
bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
